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提高肥料的利用率。水肥被直接输送到根系泥土，可充分保证养分的有效供给和根系的快捷吸收。因水肥溶液在泥土中均匀散布，使得养分散布高度均匀，提高了根系的吸收效率。对微灌而言，因为湿润领域仅限于根系集中的区域及水肥溶液最大限度地均匀散布等起因，施肥效率大大提高。因为微灌的流量小，相应地延长了作物吸收养分的时间。在滴灌下，含养分的水滴迟缓渗入泥土，根区泥土水分饱和后立刻停滞灌水，因此能够减少养分向深层泥土的渗漏，特别是硝态氮的淋失。传统上施肥和灌溉都是分开进行的，肥料施入泥土后，因为没有及时灌水或灌水量不足，肥料存在于泥土中，根系并没有充分吸收。在灌溉时泥土能够达到水分饱和，但灌溉的时间很短，因此根系吸收养分的时间也短。在田间滴灌施肥系统下种植西红柿，氮的利用率可达90％，磷达到70％，钾达到95％。肥料利用率的提高意味着施肥量的减少，从而节俭了肥料。